Υπάρχουν βασικά δύο απόψεις. Η μία άποψη είναι υπέρ της αλλαγής φύλου. Αυτή την άποψη την υποστηρίζουν κυρίως αυτοί που έχουν μια υλιστική περίπου θεωρία για την ύπαρξη του ανθρώπου. Για την θεωρία αυτή , ο άνθρωπος είναι δημιουργία της φύσης. Είναι ζώον ιδιαιτέρων ικανοτήτων. Σαν δημιούργημα της φύσης ο άνθρωπος έχει δικαίωμα να ζει ελεύθερα. Ελευθερία, για την υλιστική θεωρία, σημαίνει να ζει κάποιος βάσει των βιολογικών του ενστίκτων. Συνεπώς το αν κάποιος επιθυμεί άνδρα ή γυναίκα για να ικανοποιεί το σεξουαλικό ένστικτό του, είναι δικαίωμα της ελεύθερης επιλογής του.
Η δεύτερη θεωρία είναι αυτή των Ορθοδόξων όπου ο άνθρωπος δεν είναι δημιούργημα της φύσης, αλλά του Τριαδικού Θεού. Δημιουργημένος "κατ΄εικόνα Θεού " ο άνθρωπος είναι "ζώον θεούμενον", κατά τον άγιο Γρηγόριο τον Θεολόγο. Η ελεύθερία του ανθρώπου δεν έγκειται στην εξυπηρέτηση των βιολογικών του ενστίκτων, αλλά στην υπέρβαση αυτών, κατά το δυνατόν, συνεργούντος του Αγίου Πνεύματος. 'Ετσι λοιπόν ο άνθρωπος καλείται να υπερβεί και αυτή την φύση του. Παράδειγμα η θυσία του Ισαάκ από τον Αβραάμ. Και όπως ο απ. Παύλος γράφει προς τους Γαλάτες: "ουκ ενί άρσεν ή θήλυ, πάντες γαρ εν εσμέν εν Χριστώ". Η πράξη της ομοφυλοφιλικής συνεύρεσης είναι υποδούλωση στη φύση και όχι υπέρβαση αυτής.
Η διαφωνία λοιπόν δεν βρίσκεται σε ηθικό επίπεδο αλλά οντολογικό.
Αν ο άνθρωπος είναι δημιούργημα της φύσης τότε η αλλαγή φύλου είναι ελεύθερο λογικό επόμενο. Αν όμως ο άνθρωπος είναι δημιούργημα "κατ' εικόνα" του Τριαδικού Θεού, τότε η αλλαγή φύλου είναι υποδούλωση του ανθρώπου στα βιολογικά του ένστικτα. Ο χριστιανός δεν επιτρέπεται να καταφεύγει σε απειλές και αφορισμούς. Ο Χριστός ο οποίος είπε "όστις θέλει οπίσω μου ακολουθείν" δεν δέχεται βία και καταναγκασμό. Ο άνθρωπος είναι κατά την Αγία Γραφή διαλογικό όν. Αυτό σημαίνει ότι επιλύει τα προβλήματά του μέσα σε διάλογο αγάπης. Πρέπει με επιχειρήματα αγάπης και όχι αφορισμού, να πούμε και να δείξουμε τι είναι ο άνθρωπος. Και αν ο άλλος το δεχτεί έχει καλώς. Και αν πάλι δεν το δεχτεί δεν σημαίνει ότι είναι εχθρός μας. Είναι άνθρωπος με άλλες απόψεις και εμπειρίες. Ο απ. Παύλος λέει προς τον Τίτο: "Αιρετικόν άνθρωπον μετά πρώτης και δευτέρας νουθεσίας παραιτού". Με αιρετικό άνθρωπο, μετά πρώτης και δευτέρας συζητήσεως, αν δεν πείθεται σταμάτα τον διάλογο. Πόσο μάλλον με άθεο.
Ο καθένας έχει δικαίωμα να ζει την ζωή του όπως αυτός θέλει. Σωτήρας είναι μόνο ο Χριστός. Και δεν σώζει αναγκαστικά κανέναν. Τώρα για την αλλαγή φύλου από τα 15, είναι άξιον μεγάλης απορίας, γιατί ενώ ένας άνθρωπος όταν κλείσει τα 18 χρόνια, μπορεί να κάνει ελεύθερα αλλαγή φύλου, κάποιοι βιάζονται να το κάνουν από τα 15, εγώ ο φτωχός δεν το καταλαβαίνω. Δηλ. ένας νέος κρίνεται , σωστά ανώριμος να οδηγήσει αυτοκίνητο στα 15, κρίνεται όμως ώριμος για να πάρει μια τέτοια απόφαση. Γιατί ανοίγετε τους ασκούς του Αιόλου μέσα στις οικογένειες; Σας ενδιαφέρει η οικογένεια ή όχι;