Ανάμεσα στα έργα του, κυρίως φιλοσοφικά, διακρίνουμε μια πραγματεία του περί μουσικής, αναφερόμενος κυρίως στη θέση της μουσικής μέσα στο ναό την ώρα της λατρείας.
Αυτή η πραγματεία γράφτηκε στα 1775 αλλά εκδόθηκε στη Τεργέστη το 1868. Πηγές έμπνευσης του Ευγένιου Βούλγαρη για αυτό το κείμενο του είναι κυρίως αρχαιοελληνικές και ευρωπαϊκές ενώ επικεντρώνει τη μελέτη του στη χάρη, τη δύναμη, τη χρήση και την ωφέλεια της μουσικής. Έτσι στο κατά πόσο η μουσική προάγει τα ήθη των ανθρώπων, ο Ευγένιος τονίζει ότι όλα τα είδη της μουσικής είναι χρήσιμα για τον άνθρωπο στη σωστή χρονική στιγμή και αναλογία. Απλά ο καθένας μας πρέπει να κάνει τη σωστή επιλογή των καλών και ωφέλιμων μελωδιών από τις απορριπτέες και άχρηστες μελωδίες. Ως νεωτεριστής, αναφέρει ότι η σύγχρονη για την εποχή του μουσική είναι ισοδύναμα ωφέλιμη για το ανθρώπινο ήθος με τις παλαιότερες μουσικές που προάγουν μέσω της αρμονίας την ανθρώπινη φύση.
Οι πατέρες της εκκλησίας μας αναφέρουν ότι μέσω της προσευχής μπορούμε να απαλλαχτούμε από τις ασθένειες της ψυχής και του σώματος ενώ ο Ευγένιος συμφωνεί τονίζοντας ότι με την μουσική θεραπεύεται η ψυχή και το ανθρώπινο πνεύμα. Έτσι η μουσική εισέρχεται στο σώμα είτε από τη ψυχή αφού διευθετεί το σώμα και λύει τα πάθη τα οποία ξεκινούν από αυτή, είτε από το πνεύμα όπου μετατρέπει την άτακτη ζωηρότητα του αίματος σε αρμονική, βάζοντας σε τάξη το ανθρώπινο σώμα. Φαίνεται καθαρά ότι ο Ευγένιος είναι βαθύτατα επηρεασμένος από τις ευρωπαϊκές αντιλήψεις περί φιλοσοφίας της εποχής του καθώς αναφέρεται σε κοινά στοιχεία με το έργο «Εγκυκλοπαίδεια» του γάλλου Ντιντερό.
Εκτός από τα ήθη και τα πάθη του ανθρώπου, ο Ευγένιος κάνει αναφορά στη Πραγματεία του και στην επίδραση της μουσικής στη καθημερινή μας ζωή. Πιο συγκεκριμένα, ο Ευγένιος αναφέρεται στη καθημερινή εργασία όπου ο εργαζόμενος ακούγοντας μουσική διαμορφώνει μια ευχάριστη διάθεση και μια ζωηρότητα, η οποία τον βοηθά να αντέξει την επίπονη εργασία του. Αυτό το απόσπασμα της Πραγματείας θεωρήθηκε ως προάγγελος της θεωρίας του ρυθμού στην εργασία η οποία διατυπώθηκε στα τέλη του 19ου αιώνα στη Γερμανία.
Τέλος, ο Ευγένιος ασχολείται με τη χρήση των οργάνων, όχι μόνο μέσα στο ναό, αλλά και στη καθημερινή ζωή. Στην ουσία ο Ευγένιος προσπαθεί να δικαιολογήσει τη χρήση των οργάνων κάνοντας μια ιστορική αναδρομή της χρήσης της μουσικής στη λατρεία ενώ εξισώνει την μονόφωνη φωνητική μουσική της ανατολικής ορθόδοξης εκκλησίας με την ενόργανη μουσική της δυτικής εκκλησίας. Αναφέρεται στα πρωτοχριστιανικά χρόνια όπου η μουσική δεν χρειαζόταν στη λατρεία καθώς οι «θερμοί» πνευματικά πιστοί αρκούνταν στις ευαγγελικές περικοπές ενώ η εκκλησία ζήτησε «την εκ του μέλους βοήθεια» όταν εμφανίστηκε η «πνευματική ψυχρότης».